Hallo,
doch, doch das "funzt". Es sind aber zwei Dinge: die Pfade ab root, und die basis-URL.
Das, was GL mach, dein Beispiel "/ext/trans.gif" sollte schon jetzt funktionieren.
Dazu kannst Du noch in den Head reinmachen:
<base href="
http://www.deine-domain.de/"> Die Browser setzen dann beides zu einem absoluten Pfad zusammen.
BTW. Schwierigkeiten macht dabei der Link zur Scribt-Bibliothek. GL ändert diesen gerne zurück auf relativ, und das passt dann nicht mehr mit der basis-url.
Auch Links zu Anker auf der selben Seite müssen besser überlegt sein.