Hallo,
Ist es denn unbedingt notwendig, die Ebenen zu behalten? Sonst könntest du einfach alles Gruppieren, oder aber ein Symbol daraus erstellen. Ich würde jedenfalls deine schönen Vektoren nicht in Pixel konvertieren, das kann jawohl keine Lösung sein.
Wenn sich etwas verschiebt, wenn du aus mehreren Ebenen gruppierst, dann versuche die Objekte auf eine Ebene zu reduzieren und sie wieder richtig anzuordnen (eigentlich braucht man doch keine Ebenen in Illustrator). Danach gruppieren und ins Paspartout einfügen. Ein Objekt mit Schnittmaske mit anderen Objekten zu gruppieren ist jedenfalls kein Problem, das geht auf jeden Fall.

Eine andere Lösung (ganz einfach): Öffne deine Paspartout-Datei. Wähle Datei/Platzieren und suche dein Plakat aus. Jetzt ist das Problem gegessen, du brauchst bloß mehrere Dateien. Wenn du dann trotzdem alles in einer Datei haben willst, gehe auf Verknüpfungen/der kleine runde Button mit dem Pfeil nach rechts/Bild einbetten. Voilà. Das Einbetten kann man auch beim abspeichern wählen.