Ein Ähnliches Problem hatte ich auch schon einmal. Die Ursache war eine Objektduplette. Koordinatengleich war ein Duplikat des Objektes vorhanden, das Kontur und Füllung beinhaltete, während das 2.Objekt (Hintergrund) nur die Kontur zeigte.
Beim Einfärben hatte ich somit immer Kontur und Füllung gleich. Nach dem Löschen des Vordergrundobjektes war wieder alles Bestens.