Anmerkung der Vollständikeitshalber:
Bei den restlichen paar Erstellungsprozenten werden die PDFs direkt aus der Applikation (InDesign oder XPress 6) erstellt, wobei die Programme dabei auf PDF-Bibliotheken zurückgreifen. Bei diesem Direktexport können Probleme bei der Weiterverarbeitung der PDF-Dateien entstehen. So bekommen Schriften von InDesign exportierten PDFs eine Doppelbyte-Kodierung, was bei einigen RIPs Probleme verursachen kann, und bei XPress 6 läuft beim Direktexport ab und zu was schief und kann deshalb nicht konsequent genutzt werden.
Von dem her würde ich, wenn Sie auf Nummer Sicher gehen wollen, nur Distiller PDFs weitergeben (wenns geht sogar nur PDF-X oder -X3