Das Problem hatte ich auch schon! Dreamweaver bietet die Möglichkeit, ein "Design-Time"-CSS-File zuzuweisen, das nicht im HTML-Code erscheint, GoLive jedoch leider nicht.
Workarounds:
* Ich binde nun ein CSS-File mit allen Definitionen statisch ein und das PHP-Script bindet, wenn nötig, ein weiteres CSS ein, das nur anderslautende Definitionen enthält. Das ist meistens nur bei Netscape 4 nötig.
* "Components" verwenden. Hab's noch nicht probiert, dürfte aber klappen. So lange Du noch gestaltest, steht in der Komponente eben ein statischer Link. Wenn fertig, ersetzt Du diesen durch ein PHP-Script.