Du könntest bei der Text-Suche nach '^F' suchen und über das Dokument hinweg durch nichts ersetzen. Damit wären die Fußnoten beseitigt.
Das halte ich aber für keine gute Idee.
Zuerst würde ich das Dokument im IDML-Format exportieren und wieder öffnen und prüfen, ob sich was verbessert (oder gar verschlimmert) hat.
Wenn das nichts hilft, könntest Du immer noch mit Peter Kahrels Skript
foot_to_end.jsx versuchen, aus den Fußnoten dynamisch nummerierte Endnoten zu erzeugen und damit Dein Glück versuchen.
Der Test dürfte weniger aufwendig sein, als alle Fußnoten wieder von Hand einzuarbeiten.