Hallo Harald,
solange die INDD nicht in unterschiedliche Verzeichnisse verschoben wurden, dürfte sich an den externen Zielen der Querverweise nichts ändern. Das Buch selbst nimmt darauf keinen Einfluss.
Daher gibt es vermutlich einen anderen Grund.
Hast Du die Gegenprobe schon gemacht, ob es aus den einzelnen INDD heraus noch funktioniert?
als Antwort auf: [#546161]