Hallo Reinhard,
ich arbeite sehr intensiv (täglich) mit
FindChangeByList.jsx in InDesign CS4 (ab und an auch CS3 und CS5) und kann die von Dir genannten damit verbundenen Folgeprobleme nicht bestätigen und nicht nachvollziehen.
Möglicherweise fehlen bei Deinen Angaben noch ein paar Details, welche ursächlich für die genannten Probleme in Frage kommen.
Vielleicht liegt Dir aber auch mehr, mit erprobten, gespeicherten Ersetze-Abfragen zu arbeiten.
In diesem Fall empfehle ich das
loadFindChangeQuery-Skript von Peter Kahrel.