Unterlege ich Text mit dem gelben Marker in Acrobat und speichere das PDF, dann kann ich mit dem Reader nachher die Hervorhebung kaum mehr erkennen (nur einen dünnen gelben Rand!)

Muss das sein?

Mit dem Kontextmenü (rechte Maustaste bei Win, Control bei Mac) kann, wenn der Kommentar selektiert ist, die Farbe geändert werden.

Jaja, schon klar. Das ändert aber nichts an dem beschriebenen Problem, dass man die Hervorhebung im Reader kaum sieht, da sie dort nur als Rand erscheint.