Mit dem kostenpflichtigen Plugin
PDFStickies lassen sich m.W. in InDesign Notizen als PDF-Kommentare exportieren (interaktive PDFs, nicht Druck-PDFs).
Und Notizen können in InDesign per Skript eingearbeitet werden.
Aus der Kombination
1. Einarbeitung von Notizen manuell oder per Skript
2. aktivem
PDFSTickies sollten demnach beim Export in eine interaktive PDF-Datei Notizen in PDF-Kommentare verwandelt werden.
Es ist schon ein paar Jahre her, dass ich dies in CS6 getestet habe, deswegen ist mir das genaue Verfahren nicht mehr präsent.
Ich weiß nur so viel: es hat funktioniert.