Hallo Chaot,
es freut mich, das ich helfen konnte.
Es war ein ziemlich hartes Stück Arbeit, weil sich InDesign immer schon kurz nach dem Öffnen der Datei aufgehängt hat.
Ich hatte, wie Du weißt, eigentlich schon aufgegeben, hatte dann aber noch eine Idee, die in Deinem Fall ja erfolgreich war.
Eine gute Möglichkeit zum Aufräumen von Querverweisen und Indexeinträgen bietet auch mein Skript
WpsHyperlinkInspector In der nächsten Version werden auch die Indexeinträge ansteuerbar und löschbar sein.