Das Aktualisieren kannst du per Script vornehmen, auch X Dateien ordnerweise per Batch in einem Rutsch.
Nachfolgend ein Script, um ein Verzeichnis mit PDFs auszuwählen, die dann die EPSe ersetzen:
Und wenn du dieses Script innerhalb des Scriptes
doScriptWithDocsOfSelectedFolderAndSubfolders.jsx von Martin Fischer startest, hast du auch die Batchfunktion.