Die Partition für Linux legt man später mit dem BootCamp Assistenten an. Man installiert sich dann einen Bootmanager (eFRIt), welcher beide Systeme booten kann:
http://purestblue.com/?p=46 Wenn man einen Grund dafür hat, kann man das machen, kein Problem. Ein Grund könnte zB sein, dass man System Partition von der "User" Partition trennen möchte, um ein Volllaufen der Systempartition ggf zu vermeiden. Mache ich aber eigentlich auch nur bei Linux oder Windows. Aber Sinn täte es dann schon machen...
Du kannst jede Partition alleine für sich wieder ändern aber die Daten sind dann idR futsch. Unter Windows gibts (oder gabs mal) einen convert Befehl, der FAT32 zu NTFS konvertiert hat, ohne dass die Daten verloren gingen aber der war auch nicht ohne Probleme. Aber wie gesagt, wenn du später ein Linux als zweites Betriebssystem haben möchtest, bereitest du die Partition am besten mit dem Boot Camp Assistenten vor. Aber trivial ist das nicht gerade, weil du im Prinzip ein BIOS für Linux benötigst und Macs aber über EFI booten. Es gibt Hacks Linux auch über EFI booten zu können aber das braucht spezielle Kernel Optionen, welche in Standardkernels wohl immer noch nicht enthalten sein dürften. Die eFRIt Geschichte, ist noch das praktischste aber auch nicht ohne Tücken...
Edit: Was mir grad noch einfällt, wir hatten auch ein spezielles ISO-Image für Debian verwendet, weil es mit der Standard-ISO Treiberprobleme gab. Der oben verlinkte Artikel hat zu einem ISO-Image für Mac Mini verlinkt.
HTH Tom