Moin,
so ganz habe ich noch nicht verstanden, was du da machen willst ;)
Lege im jeden Dokument die Absatzformate, Farben etc. in einer Formatgruppe an. Mit einer eindeutigen Bezeichnung wie Kapitel 1, Kapitel 2... In den einzelnen Dokumenten kannst Du deine "neutrale" Farbe löschen und durch die Kapitelfarbe ersetzen.
Dadurch gibt es keine Problem beim Einfügen.
Des weiteren gibt es eine Buchfunktion in InDesign.
als Antwort auf: [#582021]