Da behaupte ich mal das gegenteil. Mit PHP kann man sehr wohl als root (serveradmin) komplexe tasks ausführen.
Ich hab z.B des öfteren gefüllte verzeichnisse auf mehreren ebenen welche ich komplett löschen muss und mittels eines PHP scripts geht das sehr einfach. z.B:
mit shell_exec kannst du linux konsolenbefehle ausführen und mit dem nötigen knowhow auch dateien auslesen/bearbeiten auf root ebene.
der aufwand ist jedoch meist nur lohnenswert wenn es wirklich nicht anders geht. ich empfehle daher eher administatoren tools welche z.B. server hosting firmen benutzen für ihre kunden (z.B cpanel) diese lassen sich passwort schützen.
lg
randy