Moin!
Ich würde hier empfehlem mal im Terminal zu schauen was mit ".DesktopIndex" dort los ist.
Offenbar kann die DB nicht geöffnet werden...
Ist da evtl. ein Symlink auf ein nicht existierendes Ziel?
Sind die Zugriffrechte Ok? Bei mir sieht das so aus:
-rw------- 1 root wheel 2699571200 Jan 9 13:42 .DesktopIndex
Kann die DB manuell geöffnet werden? Also (als 'root'):
Hier ".quit" eintippen um sqlite zu beenden.
Vielleicht hilft das weiter um die Fehlerursache zu finden.
Gruß,
GreatOm