Hallo Stefan,
PDF/X-3 ist per se kein Persilschein für perfekte Daten. Wenn Transparenzen enthalten sind, dann musst du die richtigen Tranparenzreduzierungsformate verwenden, damit eine gescheite Druckqualität hinten heraus kommt. Wichtig ist dann auch, wie du mit Schriften umgehen willst. Und das ist zusätzlich abhängig, ob die Schriften über oder unter den tranparenzreduzierenden Objekten befindet. Bei falscher Reduzierung kann man immer noch gut zu druckende Ergebnisse bekommen, aber die Optik kann hinüber sein, weil der Text zum Beispiel zur Hälfte in Pixel umgewandelt wurde.
Zum Thema Tranparenzreduzierung findest du im InDesign-Forum eine Hilfeseite verlinkt. Aber damit du nicht lange suchen musst, habe ich ihn dir gleich hier herkopiert:
http://www.hilfdirselbst.org/indesign.php.