Vermutlich gab sie Dir noch niemand hier, weil noch niemand Zeit gehabt hatte, nachzuforschen, was Du unter mit
"GIMP" gemeint hattest.
Aha, also eine Bildverarbeitung. Im Glossar des GIMP-Handbuchs steht: "Farbwert aus Transparenz speichern. Falls diese Eigenschaft aktiviert ist, werden die Farbwerte selbst dann gespeichert, wenn die Pixel vollständig transparent sind."
Sorge in den GIMP-Einstellungen also dafür, dass sie das nicht tut. Ist jedenfalls kein Thema für ein InDesign-Forum.
Stell die Frage ggf. im
GIMP-Forum.