Hallo Florian,
wenn ich mich recht erinnere ist
BlockQuote ein Tag für ganze Absätze und nicht für Teile – den kann man über die Rollenzuordung mappen.
Aber noch was wesentliches: Wenn ich es recht herauslese arbeitest du in InDesign über das Tag-Panel? Du weisst das es ab InDesign CS5.5 (deine Version hast du ja nicht verraten) einen anderen und in meinem Augen auch weit aus besseren Workflow gibt (Artikel-Panel, Export-Tags, …). Da musst du dann auch keine Lesereihenfolge und Ähnliches mehr in Acrobat machen, geht auch an sich viel fixer und besser und viele Probleme die via Tags-Workflow auftreten lassen sich umschiffen.
Und wenn du das öfter machst schau dir mal das ID-Plugin MadeToTag an (
http://www.axaio.com/...e:products:madetotag).