Hmm… Wenn das so ist, dann ist das wirklich ein Problem welches wir von einer anderen Seite anfassen müssen. Grundsätzlich bin ich eigentlich ein erklärter Feind des Systemkopierens. Meiens Erachtens können bereits da "Fehler" entstehen, resp. Fehler weiterkopiert werden. Habe bei mir immer wieder von Grund auf neu installiert. Wie oft brauchst du Classic noch?
Habe selbst ein G3/500er Powerbook, welches ich mit OSX betreibe und hatte noch nie grosse Probleme. Ich arbeite allerdings sehr selten mit Classic. Daher habe ich mir nur das allernötigste von OS 9 dazu installiert. Falls vorhanden könntest du Classic auch von einer originalen Apple Software Restore CD aufspielen. Hatte das vor kurzem bei einem neuen G5, welchen ich komplett neu aufgesetzt habe. Da funktioniert Classic auch einwandfrei, allerdings brauche ich da auch kein ATM. Den "alten" Systemordner kannst du glaube von OSX aus direkt löschen. Wie das ganze dann aber mit dem Ordner Applications (OS9) aussieht bin ich gerade überfragt.
Ich hoffe dir noch etwas geholfen zu haben und fürs erste deine Fragen beantworten können.
Gruss
Markus