Du meinst wohl ein neues Fenster, das man mit JavaScript (und nicht Java, was was ganz anderes ist) öffnet:
<a href="seite.html" onclick="window.open('','Fenstername','weitere Paramenter')" target="Fenstername">
In seite.html bringst Du Deine Flash-Präsi unter oder ersetzst diesen Verweis durch Deinen Dateinamen.
Die Link-Variable im window.open() sollte leer sein, bzw. kann leer sein, denn die Adresse muss ja nicht zweimal plaziert werden.
Somit finden auch Suchmotoren die Seite. Diese Lösung ist zudem nicht nur sehr elegant sondern absolut korrekt, weil der Link auf eine Seite verweist und nicht auf kein blödsinniges Hobby-JavaScriptchen.
Elegant ist diese Lösung vor allem deshalb, weil man diesen Link nur noch kopieren kann und an anderer Stelle nur noch das href-Attribut und den Text anpassen muss, wenn man wieder ins gleiche Fenster laden will.
Wenn man mit dem href auf ein wirkliches JavaScript verweist, dann ist die Schreibweise href="javascript:ProfiJS();" vielleicht so korrekt wie <a href="#" onclick="ProfiJS();">
Gruss aus Zürich
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