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Das Problem tritt nur bei PDFs auf.

Nur bei PDFs vom Scanprogramm oder auch bei anderen PDFs?

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Diagonal. - Der PDF-Inhalt verdreht, gedehnt und wiederholt sich teilweise im Bildrahmen.

Meine Vermutung: zu 99,9% liegt es an dem Scanprogramm und nicht an InDesign.

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PEG, GIF, PNG, PSD, ... - Aber ich bevorzuge eben das PDF-Format wegen der Dateigröße, Kompatibilität, ...

Jein - andere Formate werden nicht so gut unterstützt. - PDF ist Standard.

Nein. - Wenn ich die PDF als JPEG speichere, sieht's richtig aus.

Die Kompatibilität scheint bei diesen vom Scanprogramm erzeugten PDFs dann wohl gerade nicht gegeben zu sein.

Kannst Du mir eine solche PDF-Datei mal schicken oder hier hochladen?

Gruß
Michael

(Edit: kursiv)