Antwort auf:

Beim Exportieren der PNGs oder JPEGs schalte ich per Script erst in RGB um, dann wird exportiert und schließlich wieder in CMYK umgeschaltet.

Da kommen aber z.B. beim Verflachen von 100K Objekten bei deinen Exporten grundsätzlich andere Dinge bei dir heraus (4farbig aufgebaute Schatten), als bei den Kollegen die rein auf CMYK Basis arbeiten (Schatten nur in K aufgebaut).

Nachtrag: Ich sehe gerade, das auch garnicht von Transparenz betroffenes 100K in farbig aufgebautes gewandelt wird ...