Wahrscheinlich geht das unter Beibehalt der automatischen Numerierung nur so, indem Du statt zwei Seiten (z.B. Din A5 hoch, doppelseitig) pro Druckbogen eine doppelt so breite Seite (z.B. Din A4 quer, einseitig) anlegst. Die Hilfslinien für den Bundsteg könntest Du dabei über Spaltenhilfslinien auf der Musterseite umsetzen.

Hast Du Dein Layout schon fertig?
Wenn Du eine überschaubare Zahl an Druckbogen hast, könntest Du die Objekte je Druckbogen per Copy & Paste vom alten ins neue Dokument übertragen.

InDesign zählt bei der automatischen Seitennumerierung je Abschnitt immer Seite für Seite. Du kannst (innerhalb eines Abschnitts) nicht angeben, daß ab und an oder regelmäßig eine Seite übersprungen werden soll. Allerdings könntest Du mit neuen Abschnitten arbeiten (und den Beginn der Seitennumerierung nach Wunsch festlegen), was aber in Deinem Fall sehr umständlich wäre.

Alternativ könntest Du auf der Musterseite einen Textrahmen für die Pagina definieren und aus einer Liste mit Nummern (z.B. aus Excel) einen automatischen Textfluß über diesen Textrahmen laufen lassen; Absatzbeginn: Neue Seite (oder neue rechte oder neue linke Seite).

Experimentiere mal ein bißchen rum.
Die ideale Lösung stellt sich oft überraschend ein. ;-)