Das Phänomen ist bekannt und hängt meist mit Bildschirmwechsel unter WIN zusammen: z.B. Notebook <-> Notebook + externer Bildschirm. Manchmal hilft schon, InDesign neu zustarten. Ggf. müssen Bildschirmauflösung und/oder Bildschirmanordnung gewechselt werden, dann Öffnen-Dialog erneut aufrufen und InDesign beenden. Beim nächsten Hochfahren von ID klappt es dann meist, und die Monitore können wieder zurückgesetzt werden.
Sorry für das viele "meist", aber für das Dingfestmachen einer exakten Regel fehlte mir bislang die Zeit.
Die Dialoge öffnen sich übrigens durchaus (erkennbar daran, daß dann die Dok-Fenster-Kopfleiste grau wird) - nur stehen sie irgendwo außerhalb des vom Monitor angezeigten Bereichs. Manchmal, wenn man Glück hat, zeigen sie sich sogar ganz, ganz minimal mit einer Kante (die man dann allerdings anfassen und ziehen kann).