Was spricht dagegen, das Projekt in einer Datei zu bearbeiten? Die 250 Ebenen musst Du sowieso anlegen, ob in einer oder 15 Dateien. Zur besseren Übersicht ließen sich diese in Ebenengruppen zusammenfassen.
Ich weiß nicht wieviel RAM unter Deinem Schreibtisch werkeln, aber 250 MB Dateien sind jetzt auch wieder nicht soo unhandlich. Denkbar wäre auch, alle Karten einzeln zu bearbeiten und zum Schluss die angrenzenden hineinzukopieren. Dann ist die Datei nicht ganz so groß.
Ist halt auch ein sehr spezielles Projekt.
Gruß
Günther