InDesign unterstützt Fußnotenverweise aus Tabellen heraus nicht.

Ein Workaround:
Platziere die Verweise statt dessen vor oder nach der Tabelle (auf der Seite, wo die Fußnoten zu stehen kommen sollen).
Mache die Verweisziffern unsichtbar (0,1 pt, 1% horizontale Skalierung, Textfarbe: keine).
Füge an den entsprechenden Stellen in der Tabelle statische Ziffern in der Formatierung für Fußnotenzahlen ein.

Übrigens: die Fußnoten aus Tabellen sind beim Import nicht verloren gegangen.
Sie stehen am Ende des Textabschnitts als Endnoten.

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edit:
Eine weitere Alternative wäre das Ersetzen der Fußnotenverweise durch Querverweise auf dynamische Endnoten.
Ein bißchen 'Fußnotenumbruch à la Pagemaker'. ;-)
Siehe dazu Endnotes in InDesign CS4 und Peter Kahrels Skripte in Dynamic endnotes (CS4 and later).
Funktioniert zwar etwas umständlich, aber es funktioniert (über kurze Strecken). ;-)