InDesign bietet die vom System bereitgestellten Schriften zur Verwendung an.
Mir ist kein Weg bekannt, bereitgestellte Schriften in InDesign zu filtern.

U.U. könnte man beim Start von InDesign oder beim Anlegen neuer Dokumente die Pfade von nicht zugelassenen Schriften ermitteln und diese auf Betriebsystemebene(!) (Finder/Explorer) an einen 'neutralisierenden' Platz verschieben – so weit die Schriften vom Betriebssystem über die Lage in bestimmten Verzeichnissen und nicht etwa von einem Fontmanagementprogramm verwaltet werden. Dann stehen sie systemweit nicht mehr zur Verfügung.
Ist bei vom System benötigten Schriften absolut verboten!

Alternativ könnte man den Anwender damit ärgern, dass beim Sichern, Exportieren oder Drucken eines Dokuments bestimmte Schriften durch Ersatzschriften ausgetauscht werden. Courier oder Comic Sans. ;-)

Aber das ist alles sehr gefährlich und ärgerlich.

Soll durch diese Bevormundung der Wille des Layouters gebrochen werden?
Der findet bestimmt Wege, das zu sabotieren – und wenn er nur das Startupskript entschärft. ;-)

Ich würde sagen: per Skript keine wirklich vernünftige Chance.