Reicht es nicht aus, in den Fußnotenoptionen "Nummerierung neu beginnen nach Abschnitt" zu aktivieren?
M.W. bedeutet Abschnitt hier story und nicht section.

Voraussetzung wäre demnach, dass jedes Kapitel eine eigene story (Textabschnitt) wäre.
Es müsste dafür nicht eigens eine neue section eingerichtet werden.