Hier die zeitsparendste Lösung. Alle Dokumente des Buches bzw. der Datei öffnen. Fenster "Suchen und Ersetzen" (CMD+F) öffnen. In das "Suchen nach-Feld" einfach ^I eingeben. Feld "Ändern in" bleibt leer. Der Rest ebenso. Die Suche auf alle Dokumente durchführen. Jetzt auf "alle ändern" klicken, und siehe da, der Index ist wieder leer.