Vielleicht ists ja bei der CS6 wie bei der CS5.5.
Da kenn ich nämlich das Problem, wenn INDESIGN wieder mal bei einem großen Dokument abgestürzt ist. Komplett abschalten hab ich nochnicht herausgefunden, aber man kann die Wiederherstellung nach dem Neustart verhindern.

In den Voreinstellungen -> Dateihandling nach dem Pfad schaun in dem die Daten für die Dokumentenwiederherstellung gespeichert werden. Ist so etwas wie:
C:\Users\XXX\AppData\Local\Adobe\InDesign\Version 7.5\de_DE\Caches\InDesign Recovery

Die dort nach einem vorhandenen Absturz vorhandenen Dateien komplett löschen und INDESIGN neu starten. Das wars schon.