Hallo Christoph,

wo stehen die Seitenzahlen?
Auf den Muster- oder auf den Layoutseiten?

Wenn auf den Musterseiten, dann solltest Du sie zunächst auf den Layoutseiten von den Musterseiten lösen.

Der Absatz, in dem die Seitenzahlen stehen, hat (hoffentlich) ein exklusives Absatzformat.
Dann könntest Du diesem Absatzformat eine Nummerierung (ggf. mit neuer Liste) definieren und die Seitenzahl über "Suchen-Ersetzen" durch z.B. ein Leerzeichen ersetzen. Die Reihenfolge der Nummerierung vor dem Umsortieren kontrollieren.

Alternative 1: Pagina auf Musterseiten löschen, Textrahmen belassen, eine (aus Excel generierte) Liste mit fortlaufenden Zahlen in die Textrahmen auf den Layoutseiten einfließen lassen.

Alternative 2: Platziere die Seiten des Dokuments (oder die Seiten einer exportierten PDF-Datei) in ein neues InDesign-Dokument und ändere dort die Reihenfolge der Seiten.