Moin,

zu PDF/X-3 kann ich gar nichts sagen, weil es – sorry – der größte Unfug ist. Keiner will in einer PDF/X-3-Datei noch RGB-und LAB-Bilder haben. Wenn man die aber nicht haben will, dann ist es PDF/X-1a.

Du hast also mit PDFX-ready zwei Möglichkeiten: PDF/X-1a und PDF/X-4. PDF/X-1a ist mittlerweile so "classic", dass sich da seit Jahren nichts geändert hat, also kann man Empfehlungen von 2009 nehmen: http://www.pdfx-ready.ch/index.php?show=492
Oder Du gehst als PDF/X-4 (aber nur CMYK) transparent raus: http://www.pdfx-ready.ch/index.php?show=536

Variation vom letzteren: Schalte die X-4-Zertifizierung aus, dann ist in Acrobat oder der pdfToolbox das Erstellen von X-1a ein paar Klicks schneller.