Einzelseiten Export aus InDesign geht problemlos mit BatchConvert:

http://www.kahrel.plus.com/indesign/batch_convert.html

PS: setzt natürlich voraus, dass InDesign Dokumente vorliegen und nicht erst die PDFs platziert werden müssen. Das ginge dann wahrscheinlich vorab mit zusätzlichen Skripten wie z.B. PlaceMultiPagePDFs

Gruß Sebastian