Hallo!
Da sitzt der "Richtungsanzeiger" in InDesign wohl falsch (ich hab die entsprechende Version grad nicht vor mir, daher kann ich dir nicht die korrekte Bezeichnung dafür geben).
In InDesign hast du bei der arabischen bzw ME-Version eine Schaltfläche mit der du die Textrichtung festlegst und das sowohl auf Absatz- als auch Zeichenebene. Markier den Punkt mal und weise ihm die entsprechende Textrichtung zu.
Das sollte klappen.

Eine Übersetzung in Zusammenspiel mit rtf, Excel oder ähnlich würde ich grundsätzlich vermeiden.
Die meisten Übersetzungsagenturen sollten InDesign idml-Dateien direkt übersetzen können.

Gruß
Oliver