Antwort auf:

das von dir beschriebene Phänomen kenne ich schon lange

Dem kann ich mich nur anschließen.
Die unglückliche Konstellation ist verbunden mit zwei Bedingungen:

1. eine dreizeilige Fußnote (zweizeilige sind in Kombination mit der folgenden Bedingung kein Problem);
2. am Anfang/Ende eines Absatzes die ersten/letzten 2 Zeilen nicht trennen.

Wenn dann zwei Zeilen noch auf die Seite mit dem Verweis passen, nimmt InDesign ein Hurenkind in Kauf, um den Konflikt zu lösen (statt die weniger peinliche Lösung mit einem Schusterjungen zu wählen).
Der Zusammenhalt Verweis und Fußnote ist für InDesign zwingend (da führt kein Weg dran vorbei). Und die Seite soll möglichst gefüllt werden. Das nichtoptimale Füllen einer Seite wird strenger bestraft als ein Verstoß gegen die Umbruchoptionen.

Das mag man so oder so sehen.
Aber wenn eine Verletzung der Umbruchoptionen in Kauf genommen wird, dann bitte eher einen Schusterjungen als ein Hurenkind. Ein Hurenkind ist absolut verboten, während man in der Not mit einem Schusterjungen schon mal leben kann (diese sind immerhin eine ganze Textspalte breit; Hurenkinder können u.U. nur einen geringen Teil einer Zeile anbrechen).

Nach mehreren Eingaben beim Feature Request / Bugreport bei Adobe seit InDesign CS3 (damals auch in Betatests) habe ich aufgegeben, weiter darauf herumzureiten und immerfort ignoriert zu werden.

Man muss eben höllisch aufpassen!