Hallo Mike,
dann probiere mal die PDFs automatisiert mit Peter Kahrels Skript Batch Convert/Export zu exportieren. Falls das auch nicht funktioniert, könnte der Wurm im Betriebssystem sein.

Ich kann jedenfalls das Phänomen hier mit meinem InDesign CC 2019 auf Windows 10 nicht beobachten.

Hier der Link zu Peter Kahrels Skript:

Batch-process (convert/export/import) documents
Peter Kahrel | Letzter Update: 2 Feb. 2019
https://creativepro.com/...n/batch_convert.html