Ich habs gerade mit deinem PDF und mit PDFs von mit probiert, die ich vor einigen Wochen beschnitten habe:
Die alten Beschnittenen werden korrekt angezeigt, die Datei die ich seinerzeit dafür verwendet habe, lässt sich hier aber auch nicht mehr zuschneiden.

Auch die seinerzeit beschnittenen lassen sich nicht mehr auf andere Beschneidungen ändern ...

Sieht nach Bug aus – Danke Adobe!

Hier unter OS X10.13.6:
Architecture: x86_64
Build: 20.6.20034.366983
AGM: 4.30.98
CoolType: 5.14.5
JP2K: 1.2.2.45402

Nachtrag: Das erneute beschneiden der von mitr zuletzt beschnittenen PDFs erforderte natürlich eine händische Maßeingabe – auch da tut sich hier nichts.