Sie werden auch vertikal verschoben.
Es ist bis jetzt nur bei grösseren Projekten vorgekommen. Also Dateien mit 20 oder mehr Seiten. Wenn ich die Seiten einzeln schicke, dann passierts nicht mehr. Es hat also allenfalls mit der Projektgrösse zu tun ... daher ist auch etwas schwierig hier was reinzustellen. Vielleicht habe ich morgen ein gutes Beispiel.

Übrigens: Präferenzen löschen hat nichts gebracht.

ist zwar schon etwas her, habe aber ein ähnliches Problem und für meinen Fall eine Lösung gefunden ...

Problemschilderung:
Habe eine 16-seitige Broschüre in InDesign erstellt und auch Mustervorlagen benutzt, nach dem PDF-Export waren Teile/Objekte, die sich auf den Mustervorlagen befinden, teilweise doppelt da oder verschoben. Das musste ich jedoch nur auf den Seiten 7-15 feststellen, alle anderen Seiten waren in Ordnung.

Problemfindung:
Ich habe testweise die Inhalte der Seiten gelöscht und also eine PDF nur mit den Objekten der Mustervorlage erstellt und siehe da: Die Objekte waren nicht mehr verschoben! Also habe ich nach und nach, die Inhalte der Seiten wieder eingefügt und nach jedem Einfügen einer Seite immer wieder eine PDF erstellt. Als ich bei Seite 6 angelangt war und eine PDF geschrieben habe, waren wieder plötzlich alle Seiten 7-15 falsch. Also musste das Problem auf Seite 6 liegen. Ich habe das einzige Foto (.psd-Datei mit Transparenz), das auf dieser Seite war gelöscht und ebenso einen Rahmen mit Schatteneffekt, PDF exportiert, wieder alles in Ordnung! Habe gedacht, das wars doch schon ... also habe ich die weiteren Seiten gefüllt und bei Seite 13 das gleiche Problem. Auch hier auf der Seite war ein Foto, das auf den folgenden Seiten 14-15 den Fehler verursacht hatte (Seite 13 selbst mit diesem Foto ist allerdings richtig in der PDF).

Problemlösung:
Das Problem mit dem Foto (.psd-Datei mit Transparenz) und dem Schatteneffekt auf Seite 6, welche die Fehler verursacht haben, habe ich umgangen indem ich die Teile zusammen als JPG-Datei gespeichert habe und dann dieses JPG neu eingefügt habe.

Das Problem mit dem Foto auf Seite 13 war wohl, dass das Foto eine .png-Datei mit Transparenzen und RGB-Farbraum war, nachdem ich das Foto als JPG im CMYK-Modus gespeichert habe, waren auch die Folgeseiten 14-15 wieder richtig dargestellt!

Fazit:
Das Problem liegt also wohl nicht an den Mustervorlagen selbst, sondern eher am Inhalt der einzelnen Seiten.
Da ich aber öfters .psd-Dateien und Schatteneffekte, auch im Zusammenspiel mit Mustervorlagen verwende und solche Fehler nie aufgetreten sind, kann ich mir nicht erklären warum in dieser Datei plötzlich solche Fehler auftreten. Offenbar liegt ein Fehler in der Datei selbst vor, der diese Teile falsch interpretiert, vielleicht Transparenzreduzierung? Die Lösung ist also wohl nicht für jeden hilfreich, aber vielleicht hilft mein Lösungsweg euch weiter!