Für Bilder gilt in InDesign: Das Programm vergißt sie nicht - auch dann nicht, wenn sie rausgeworfen werden. (Folge: ID-Doks werden größer und größer.) Workaround: Sichern unter (neuem Namen am besten, dann hat man auch eine Historie).
Ob das vielleicht auch für Operationen wie die beschriebenen gilt?
Also mal alle Doks unter neuem Namen sichern und schauen, wie sie dann reagieren. Evtl. sogar einmal exportieren ins Interchange-Format und von dort neu öffnen.
Interessant ist manchmal auch der Blick in die Geschichte des Dokuments: Klick mit Befehls-/Strg-Taste auf "Über InDesign...". Dort: "Dokumentenchronik". "Protokolldatei schreiben" ist mal wieder mißverständlich: Es wird damit keine neue oder irgendwie andere Protokolldatei geschrieben, sondern eben jene "Dokumentenchronik". (Aber warum auch es bei einem Begriff belassen, wenn man zwei benutzen kann.)
Skeptisch würde ich z.B. werden, wenn das Dokument über viele ID-Versionen hindurchgeschleppt worden ist oder gar mal eine XPress-Datei war. Dann ist das Interchange-Format in sinnvoller Zwischenschritt.
"Einfaches Absatzformat" kann evtl. eine Rolle spielen, wenn andere Stile davon abhängig sind: nur Namen und Zuordnungen dürften sich deshalb trotzdem nicht ändern.
Wie schaut es mit den Objektstilen aus? Gibt es welche? Beinhalten die einen Verweis auf Absatzstile?
Grüße, Jochen