Hallo,
es ist sehr schwer, dein Problem genau (!) nachzuvollziehen.
Du schreibst einmal: "Leider malt mein Pinsel (B) in schwarz", dann: "(...) das die Malwerkzeuge einfach in der Farbe malen, in der ich sie eingestellt habe...". Das sind gerade beim Thema Alpha-Kanäle zwei Paar Schuhe (siehe Antwort von Ute). Wenn das Malwerkzeug farbig malt, dann bist du nicht im Alpha-Kanal.
Wenn du jedoch nur die Farben im Farbwähler der Werkzeugpalette verstellt hast, kannst du sie mit einem Klick auf die zwei kleinen Quadrate links unterhalb des Farbwählers (Werkzeugpalette) wieder auf "Standard" stellen (oder einfach "D" drücken :-).
Wenn du DSL und/oder Flat hast, dann schau mal hier:
http://www.informit.de/..._komp/data/kap09.htm rein. Viel Info zum Thema "Kanäle" und vieeeele Bilder. :-)
Ich hoffe, ich konnte weiterhelfen.
Gruß
Bernhard