Hallo nonpareille,
wie sehen denn die InDesign PDF-Dateien aus, vielleicht werden diese in einer PDF-Version exportiert, welche der Quarkfilter nicht kann? Welche PDF-Version sind denn die widerspenstigen PDFs?
Vermutlich speichert Ihr dann über die PDF-Optimierung auf eine kompatible Version (z.B. 1.3) herunter.
Dass die Schnittmarken und der Beschnitt fehlen, kann an einer falschen Einstellung beim PDF-Import liegen. Wenn Ihr das PDF über "Bild Laden" auswählt, dann kann man da eine der PDF-Boxen auswählen. Bei mir steht da normalerweise "Trimmungsrahmen", was die TrimBox meint und alles außerhalb des Endformates abschneidet. Wenn ich diese Einstellung auf "Medienrahmen" stelle, dann hab ich auch die Schnittmarken und den Anschnitt mit dabei.
Hoffe damit zur Problemlösung beigetragen zu haben und mach Dir doch mal Gedanken über die Dinge meiner Vorredner...
Viel Erfolg
Thomas Nagel