Hallo Juni,
warum so umständlich?
Wenn Sie als Ausgangsbasis einseitige EPS-Dateien verwenden, dann ist das Endprodukt natürlich erstmal jeweils wiederum eine einseitige PDF-Datei. Es gäbe zwar die Möglichkeit durch Einsatz der "RunFile.ps" bzw. "RunDir.ps" Dateien, die zum Lieferumfang von Acrobat zählen, diese beim distillen wieder zu einer mehrseitigen PDF-Datei zusammenzuführen, aber das ist alles viel zu kompliziert und zu umständlich für Ihren Anwendungsbereich.
In Ihrem Fall ist der einfachste Weg eine mehrseitige Druckdatei aus Adobe InDesign zu erezugen und diese zu distillen. Wichtig dabei ist, dass die Acrobat Distiller PPD zum Einsatz kommt.