Hallo, zusammen!
Da es sich um InDesign CS6 handelt (Version 8.0.0), fallen Deine URLs möglicherweise einem Bug zum Opfer, den ich hier dokumentiert habe:
http://forums.adobe.com/message/4463255#4463255 Der Workaround besteht darin ein Script laufen zu lassen, das nachträglich das Encoding der URLs "geraderückt". Der Scriptcode (JavaScript) ist auch gepostet. Probier's anhand eines Duplikats der InDesign-Datei einfach mal aus.
Aber Vorsicht: Sobald Du die Hyperlinks-Palette nach dem Scriptdurchlauf öffnest und mit "OK" beantwortest, sind die Links wieder intern falsch kodiert.
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Mit herzlichem Gruß,
Uwe Laubender