Hallo Kristin,
hm. InDesign ist so "schlau" zu erkennen, dass der Haupttext über alle Spalten geht.
Da schließt sich dann der Fußnotentext an. Einen echten Workaround mit Live-Fußnoten gibt's leider nicht. Jedenfalls kenne ich keinen.
Falls Du auf Endnoten ausweichen könntest wäre ein einigermaßen passabler Workflow machbar. Endnoten stehen in ihrem eigenen Textrahmen, können also von beliebiger Spaltigkeit sein. Du müsstest allerdings eine zweite Textrahmenkette über die Seiten hinweg pflegen.
Fußnoten lassen sich mit InDesign CC 2019 leicht in Endnoten wandeln (und umgekehrt).
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Mit herzlichem Gruß,
Uwe Laubender