Hallo Doro,
das von dir beschriebene Pnänomen kenne ich schon lange. Es scheint Konstellationen zu geben, bei denen InDesign im Fußnotenapparat eine Umbruchverletzung in Kauf nimmt, um keine allzu große Lücke zwischen Haupttext und Fußnoten zu erzeugen. Falls in den Einstellungen unter »Satz« die Markierung der »Absatzumbruchverletzungen« angewählt ist, erscheint immerhin eine warnende farbige Hinterlegung. Durch manuelles Eingreifen in den Umbruchoptionen kann der Tatbestand gefixt werden.
Es ist m.E. eine ärgerliche Fehlerquelle, weil InDesign gegen jegliche Logik eigenmächtig agiert.
Schöne Grüße
Olly
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Mac mini M2 Pro, macOS Sonoma (14.4), Adobe CC, FrameMaker 10