Moin,
wie Martin schon schreibt, hast du ein Problem mit Endnoten, nicht Fußnoten. Das letzte beherrscht Indesign schon seit CS2 leidlich, das erste erst seit CC 2018.
Was dir helfen wird, sind die Scripte von Peter Kahrel, denn du musst dein Endnoten-Absatzformat auf Automatische Numemrierung und Querverweis (und vielleicht noch anderes) umstellen. Auf
http://www.kahrel.plus.com/indesign/footnotes.html wirst du die Scripte finden. Weitere Fragen und Antworten, wenn vorhanden, dann wieder hier.