Hallo Yogy,
vom Satz textkritischer Briefeditionen her ist mir Deine Problematik bekannt.
Und dafür konnte ich einen Workflow einrichten, bei dem der textkritische Apparat mit Skriptunterstütung halbautomatisch gesetzt werden kann.
Aber hier basiert der Workflow auf der Vorraussetzung, dass zumindest ein Fußnotenapparat über die automatische Fußnotenverwaltung von InDesign umgesetzt werden kann.
Der textkritische Apparat wird über verkettete Textrahmen mit Konturführung gelöst. Die Absätze darin wurden ursprünglich als Endnoten importiert, die Nummerierung angepasst und die Absatzschaltungen zwischen den Endnoten ersetzt durch ein Geviert-Leerzeichen (gefolgt von bedingtem Zeilenumbruch).
Absatzumbruchoption: Beginn in neuem Rahmen.
Die Nummerierung im textkritischen Apparat ist statisch und muss (hier sehr selten) bei Streichung oder Ergänzung eines Eintrags (per Skript) aktualisiert werden.
Ein Skript hilft, die verketteten Textrahmen vertikal mit einem definierten Abstand zur Fußnotenlinie zu positionieren.
Deine Aufgabenstellung ist eine andere.
Wenn ich es richtig verstanden habe, dann sind die Einheiten in beiden Apparaten fortlaufend (vielleicht kannst Du noch ein Bildschirmfoto hochladen).
Das ist eine besondere Herausforderung(!) für Dich in InDesign, aber vielleicht kannst Du was aus meinem skizzierten Arrangement abkupfern.