hallo rstein,
das hängt damit zusammen, dass Illustrator im "Normalfall" eine PDF-Datei und eine Illustrator-Datei in einem Dokument abspeichert.
Wenn Du das PDF in Illustrator öffnest, dann nimmt er die Illustrator-Datei und wenn Du es im Acrobat öffnest, die PDF.
Wenn Du nun speicherst benötigt er zum PDF schreiben die vollständigen Daten, interpretiert also das EPS und bettet es in das PDF mit ein. Im Illustrator bleibt jedoch die Verknüpfung zum PDF bestehen, damit bei einer Änderung des EPS auch die Verknüpfung im Illustrator aktualisiert werden kann.
Beim Speichern im Illustrator als AI kannst Du sagen, dass er keine PDF-kompatible Datei erstellen soll - dann hast Du eben auch keine Möglichkeit das im Acrobat zu öffnen.
Beim Speichern im Illustrator als PDF kannst Du eine PDF/X-Version Deiner Wahl nehmen, dann speichert er die Illustrator-Funktion nicht mit. Beim erneuten Öffnen des PDFs in Illustrator wird aber alles neu interpretiert, Schriften können fehlen und Ebenen sind alle zusammengewürfelt.
Das sind mal meine Erfahrungen, die Dir vielleicht weiterhelfen. Die genauen Hintergründe und Spezifikationen können Dir vielleicht andere sagen.
Viel Erfolg.
als Antwort auf: [#573224]