Aus meiner Sicht gibt es keinen Nachteil, aber es hängt natürlich davon ab, wie Du Deine Bibliothek organisierst.
Sofern Du alle Deine Funktionen im globalen Bereich definierst und Sie dann auch alle in eine Datei speicherst und einbindest, ist natürlich das Chaos garantiert.
Ich habe meine Module recht klein organisiert und stelle sie dann mit Include zu einer Gesamtfunktion zusammen.
Das sieht dann beispielsweise so aus:
An diesem Beispiel kannst Du auch sehen, das Du Includes schachteln kannst. Beachten musst Du nur, dass sich im gleichen Adressraum mehrfach geladene Module überschreiben und dann das zuletzt geladene Modul ausgeführt wird.
Bei vielen tiefgeschachtelten Includes kann sich die Ladezeit eines Skriptes erheblich erhöhen, deshalb füge ich am Schluss alle benötigten Module in einer Datei zusammen und speichere sie als ab.
Solange Du Deine Variablen sauber deklarierst (var!) und die Sichtbarkeit von Variablen und Objekten beachtest, sollte das kein Thema sein.